格致

今天偶然发现有一篇今年发表的论文已经被引用了2700多次了(通过web of science检索)。这个刊物平时1年只有六、七十篇论文，影响因子只有二多一点。可由于今年发表了这篇论文，它明年的影响因子可能超过20。简直让人难以置信!不会是检索系统出错误了吧!

Web of Science 的检索结果如下。另外，可以看看另外一个数据库的检索结果，里面更多，有3000多次。

到会各组织、成员及组织特色：
科学松鼠会：姬十三、Yami、猛犸、Gary；年轻而发展迅速的科普blog圈
煎蛋：杨光、帽子；有趣的科普内容译文聚合群体blog
奇迹文库：季燕江；早期做预印本和电子书，现在有做读书会(journal club)的想法
集智俱乐部：Jake；对系统科学及相关问题感兴趣，网上平台有网站、豆瓣组、blog和google group，线下活动丰富多样
格致：Harrison；聚焦科学技术的群体 blog，用户群体较年轻，成员当中海外学子和物理学专业者较多，组织较松散，网站技术较好，有一批关注科学2.0的成员
科学网：孙宁、何姣；中科院旗下《科学时报》的网上官媒，以科研立项方式获得资助，进行科学传播媒体的探索，其“科学网博客”教授和老师用户较多，但目前页面设计方面较陈陋，预计明年改版

关于格致的定位和特色问题的讨论：
1.季燕江老师提出，格致拥有很多海外成员，科学素养很高，但因为地缘上的分散性使得线下活动难以举行。但格致可以与参会的各网站和组织联系，通过合作来组织线下活动。
2.从igezhi.org和wordpress平台下诸多插件的开发来看，自号为“格致管道工”的桑葚技术基础非常好。但从目前格致的状况来看，瓶颈也许不在技术方面。

DeepDyve是一款专门搜数据库、学术期刊、非结构化信息和其它数据来源的搜索引擎，这些领域传统搜索引擎没有涉足。DeepDyve分为免费版和收费版，搜索主题覆盖生命科学、医学、物理学、人文科学、专利、维基百科、法律等等，但不支持中文（显然）。有兴趣可去注册一次，大概一两天内就会收到密码。

偶搜索了一下“quantum entanglement”，内容分为全文和摘要两种形式。比较好奇的是，它的重要性是如何排列的。

截图如下：

OAtube Nanotechnology，是一份开放获取的、视频形式的纳米技术杂志，主要收录学术会议报告。杂志的出发点是，相信会议报告对科学发展有更深远的影响。

杂志的主编是王志明，在科学网有博客，也是开放获取的拥护者。

视频形式科技杂志目前最有影响的是 JoVE:Journal of Visualized Experiments。

文献管理工具 Zotero （介绍）被缠上官司，原告是 Thomson Reuters，每年发布期刊影响因子的那位。

Thomson Reuters 拥有文献管理软件 EndNote，它认为 Zotero 有意破坏其客户基础，对其造成了不可挽回的商业损失。因为 Zotero 的 beta 版本可以把 EndNote 的格式转换成开放标准格式，为 Zotero 和其它软件使用。Thomson 声称 Zotero 反向工程或者反编译了 EndNote 的格式，甚至软件本身。

不让人把其文档格式进行转换，这也太霸道无理了。

Nature: Beta Blockers?

Deja Vu，似曾相识，看到似曾相识的论文，可能就是有剽窃发生了。

这个叫 Deja Vu 的网站提供一个“极其类似”文章数据库，采用计算机识别+人工确认的方式。识别工作是由一个搜索工具 eTBLAST 完成的。

但是，最常见的剽窃是跨语言的，这个工具就不大管用了。

Boss的桌上放着一本小册子，一看，写着《美国著名生命科学研究机构调查分析报告》，乃是信息中心编制的，为生科院发展提供借鉴。以在加州生物谷的三个著名研究所---Burnham医学研究所，Scripps研究所和Salk研究所为例，分析了他们的创立发展和壮大的经过。我有个师兄去年去了Salk，我之前一直以为Salk就是UCSD下面的一个institute，那天同他聊天，才发现不是这样。看来我对本行业的情况了解是很可怜的。看过这本小册子，我也knowledge+1了。

粗粗比较了一下，看上去Scripps研究所的实力和经费是最强的。 三个研究所里，它规模最大，总共有3000多人，教授270名，postdoc有800多名，3位nobel winner。最显要的是，他的经费来源并不过分依赖于NIH的grants。它们很早就开始了与工业界的合作发展。1982年，他们与强生公司开展合作，签署了长达15年的合作协议，涉及金额1000万美元 per year；在1985年，他们又与PPG工业集团商业结盟，研究所获得巨大的扩展。1986年，它从NIH获得3900万美元的资助后，就成了全美最大的私立“独立，非赢利生物医学研究中心”。此后的1992年，Scripps研究所与瑞士制药企业Sandoz AG达成10年3亿美金的合作协议，从97年1月起，Sandoz AG开始资助Scripps研究所，并获得Scripps研究所研究成功的优先转化权。2003年，佛罗里达州邀请Scripps研究所在Florida南部的棕榈滩(Palm Beach County)建立第二个研究所（第一个是Burnham在佛罗里达建立的分支机构，位于Lake Nona, Orlando, Florida，工程将于09年初竣工，计划10年内招聘300名scientist）。

Zotero，一个 FireFox 浏览器扩展，帮助收集、管理、和引用研究资料［介绍］。

Dropbox，一个在线存储，同步，分享服务［介绍］。

前面说道 Zotero 收集下来的资料，只是放在本地，不能同步到另一台电脑，不太方便。现在 Zotero 正在测试一个新的可同步版本 1.5。

其实，也可以通过别的办法来让 zotero 实现同步的，比如 Zotero + Dropbox。

1、先安装 Dropbox，它会在你电脑里建立一个 Dropbox 文件夹（Windows 下缺省叫 My Dropbox）；
2、在 Firefox 里安装 Zotero，完成后进入配置，把存储位置设为自定义，选择 Dropbox 下一个目录；
3、完成。

如果你之前已经在用 Zotero，把它的数据库和存储目录复制到新位置就可以了。

quwubin 在 iG 介绍了他的项目 BioPythonGUI。

BioPython is a widely used python module set in bioinformatics. It help researchers:

1. Parsing files in different database formats
2. Interfaces into programs like Blast, Entrez and PubMed
3. A sequence class (can transcribe, translate, invert, etc)
4. Code for handling alignments of sequences
5. Clustering algorithms

However, it's not everyone can use the BioPython, especially ones who do not know much about the programming. How can you expect a professor who never known about any programming to use BioPython to parse the BLAST report file? This is the problem which the BioPythonGUI would solve. I started the project with the goal "Everyone can use BioPython with BioPythonGUI".

如果你想参加一起开发，请与他联系 [quwubin AT gmail.com]。

好似 python 在生物物理圈子里运用挺广的。

我也挺想学着用 python 的，顺便问一句：有没有现成的解偏微分方程组的 python 模块？

再顺便提一下：iG 刚刚升级到 UCenter Home 1.5 rc2，新增的功能里面有个 manyou 平台，通过它第三方网站可以开发自己的应用，像 FaceBook 一样。目前已经有一些应用了，我试了试读书，电影，词典，投票，等等。确实给这个平台提供了不少花样。

大型强子对撞器（LHC） 明早（北京时间 15 点）就要启动了，看看地球会不会被人类制造的小黑洞吸进去吧。：）

欧洲核子研究组织（CERN）的 WEBCAST，到时应该有直播吧。